科教处科研办公室是在中心领导及科教处处长指导下，从事科研管理与辅助性工作的职能部门。科研办公室的工作职责是：协助领导对全中心科研工作进行规划、协调和督促检查;协调和组织中心内外学术交流活动;组织各类课题的立项、检查、结项与成果鉴定;负责中心科研成果统计、奖励、成果转化的组织工作;承担中心学术委员会的日常事务工作;做好科研档案管理工作等。
科研办围绕中国康复研究中心以“偏瘫、儿童脑瘫、截瘫、神经泌尿、骨关节损伤等” 患者的康复这一主题，开展相关基础研究及临床应用研究的科技管理。先后获得并主持国家“九五”攻关课题《 急性脑卒中早期康复的研究》;“十五”攻关课题《急性脑血管病三级康复方案的研究》、“十一五”国家科技支撑计划项目《脑血管病康复规范化方案的研究》、《脑损伤认知障碍远程诊疗康复服务的示范推广》、《脊髓损伤预警指标体系研究与预警模型的开发》、《残疾人泌尿系易患重大疾病的防治和康复》、“十二五”国家科技支撑计划课题项目《面向康复机构的残疾人康复产品研发及应用示范》、《脑血管病整体康复适宜技术的开发推广及康复信息平台的建设》，承担国家自然科学基金项目18项及北京科技新星计划项目、北京市自然基金项目、财政部科技专项、北京市科委重大项目、中科院科技助残项目、首都卫生专项基金等多项***、省部级及国际合作课题，技术力量位于国内领先水平。近五年来获得***及省部级等各项科研项目497项，获经费5380余万元;获得科研成果奖项7项，成果转化5项;近五年发表论文800余篇，SCI收录论文72篇，获得国家专利30项，出版论著50余册。同时建立了中国脊髓损伤数据库(目前已在五个示范城市建立网络，是我国***的大型脊髓损伤网络数据库)和脑血管病ICF康复数据库。开展脑和脊髓损伤康复技术及治疗标准化研究，并在国内推广示范。